Bir CNC sistemi etkinleştirildiğinde, istenen kesimler yazılıma programlanır ve boyutsal görevleri belirtildiği gibi bir robot gibi yerine getiren ilgili alet ve makinelere dikte edilir.

CNC programlamada, sayısal sistem içindeki kod oluşturucu, hata olasılığına rağmen çoğu zaman mekanizmaların kusursuz olduğunu varsayacaktır; bu durum, bir CNC makinesinin aynı anda birden fazla yönde kesmeye yönlendirilmesi durumunda daha yüksektir.Bir takımın sayısal kontrol sistemine yerleştirilmesi, parça programı olarak bilinen bir dizi girdiyle özetlenir.

Sayısal kontrol makinesinde programlar delikli kartlar aracılığıyla girilir.Bunun aksine, CNC makinelerinin programları bilgisayarlara küçük klavyeler aracılığıyla beslenir.CNC programlama bilgisayarın belleğinde tutulur.Kodun kendisi programcılar tarafından yazılır ve düzenlenir.Bu nedenle CNC sistemleri çok daha kapsamlı hesaplama kapasitesi sunar.Hepsinden iyisi, CNC sistemleri hiçbir şekilde statik değildir çünkü revize edilmiş kod aracılığıyla önceden var olan programlara daha yeni istemler eklenebilmektedir.